Добрый день!
Если индивидуальный предприниматель поставлен на учёт в качестве плательщика ЕНВД в налоговом органе по месту осуществления деятельности, то НДФЛ, который он удерживает в качестве налогового агента, с доходов работников, занятых в этой деятельности, уплачивается в налоговый орган по месту постановки на учёт в качестве плательщика ЕНВД.
Цитата:"Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая)" от 05.08.2000 N 117-ФЗ (ред. от 03.08.2018)Статья 226. Особенности исчисления налога налоговыми агентами. Порядок и сроки уплаты налога налоговыми агентами7. Совокупная сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником дохода, уплачивается в бюджет по месту учета (месту жительства) налогового агента в налоговом органе, если иной порядок не установлен настоящим пунктом.Налоговые агенты - российские организации, указанные в пункте 1 настоящей статьи, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения организации, определяется исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этого обособленного подразделения, а также исходя из сумм доходов, начисляемых и выплачиваемых по договорам гражданско-правового характера, заключаемым с физическими лицами обособленным подразделением (уполномоченными лицами обособленного подразделения) от имени такой организации.Налоговые агенты - индивидуальные предприниматели, которые состоят в налоговом органе на учете по месту осуществления деятельности в связи с применением системы налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности и (или) патентной системы налогообложения, с доходов наемных работников обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога в бюджет по месту своего учета в связи с осуществлением такой деятельности.